El agua que encontramos en las cuencas superiores de ciertos ríos de origen glacial, como por ejemplo los ríos Castaño Overa o Manso Superior, cerca de Pampa Linda, conduce, como se sabe, arcilla y sedimentos en suspensión, que le dan su característico color gris lechoso. Este fenómeno es debido a la fricción del glaciar sobre el lecho de roca por el que discurre. Es a la vez agua extremadamente fría (con una temperatura cercana a 0°). Por ello hay que tener en cuenta, si se la utiliza para beber,  que estas características pueden hacer que se produzcan trastornos digestivos en las personas sensibles. Es conveniente, por tanto, buscar agua clara de arroyos de origen no glaciar, siempre frecuentes en la zona del Parque.

Por otra parte, el agua estancada de los mallines (y hasta de algunas lagunas, como la laguna Ilón, cuyas aguas no tienen una buena oxigenación) no puede ser tomada sin hervirla previamente.

Existe una contaminación del agua estancada debida a las toxinas de las cianobacterias, perjudiciales para la salud del ser humano. Las cianobacterias, a veces llamadas algas verdiazules, constituyen el filo Cyanophyta, perteneciente al reino Monera. Son organismos unicelulares fotosintéticos que carecen de núcleo definido u otras estructuras celulares especializadas, y se encuentran en hábitats diversos de todo el mundo viviendo preferentemente en la corteza de los árboles, en rocas y suelos húmedos y en las aguas estancadas donde realizan la fijación de nitrógeno,  produciendo cierto tipo de espuma en las orillas y una tonalidad como "aceitosa" en el agua. Son más tóxicas cuando se produce el «florecimiento», en las épocas más calurosas del año.

Recomendamos entonces evitar beber agua de origen glaciar (con limo en suspensión), aguas estancadas en general, ni agua muy fría en días de excesivo calor, o después de un esfuerzo físico prolongado.